La Escuela Preparatoria 12 tiene como referente anterior al Centro Vocacional de Actividades Industriales (CVAI). El Centro Vocacional de Actividades Industriales se creó en 1973, para instruir en 5 adiestramientos: eléctrico-electrónica, construcción, plantas de ornato y análisis químicos. Estos adiestramientos estuvieron vigentes hasta que el Bachillerato Unitario con Adiestramiento fue reemplazado por el Bachillerato Unitario en 1991.
El licenciado Raúl Padilla López, Rector de la Universidad de Guadalajara en 1991, convocó a un proceso de reforma integral. La nueva propuesta partió de la definición del Bachillerato, sus finalidades y el perfil del egresado. Con ello se delimitaron los criterios y las líneas de formación de un nuevo plan de estudios. Estos a su vez dieron lugar a las Areas Disciplinares. La propuesta se fue construyendo con la participación de los académicos del nivel de la mayoría de las escuelas preparatorias, centros vocacionales y algunas facultades.
Una vez que el Bachillerato Unico con Adiestramiento fue sustituido paulatinamente con el nuevo modelo curricular, desaparecieron los centros vocacionales, convirtiendose en nuevas Escuelas Preparatorias. El Centro Vocacional de Actividades Industriales (CVAI) dió origen a la Escuela Preparatoria 12 que inició sus actividades en marzo de 1993.
Anteriormente, en el plantel se impartían el Bachillerato General por Competencias (BGC), Bachillerato Tecnológico en Diseño y Construcción (BTDyC) y el Bachillerato Tecnológico Químico en Control de Calidad y Medio Ambiente (BTQCCMA). Actualmente, en el plantel se imparte solamente el Bachillerato General por Competencias (BGC).